Prefecto
El 25 de noviembre de 1981, Juan Pablo II nombró a Ratzinger Prefecto para la Congregación para la Doctrina de la Fe, conocida como el Santo Oficio de la Inquisición hasta 1908, cuando Pío X decretó el cambio de nombre.
Dimitió en la archidiócesis de Múnich a principios de 1982. Fue nombrado cardenal obispo de Velletri-Segni en 1993, fue elegido vicedecano del Colegio Cardenalicio en 1998 y finalmente decano del mismo 2002, uniendo como es preceptivo su sede cardenalicia a la de Ostia. Ideológicamente, Ratzinger tiene ideas conservadoras en cuanto al control de la natalidad y el diálogo interreligioso. Ha estado más próximo al Papa Juan Pablo II que cualquier otro cardenal; Ratzinger y Wojtyla han sido calificados intelectualmente de “almas gemelas”.
Durante sus años como Prefecto de la Congregación de la Doctrina de la Fe recibió una serie de distinciones, entre las que destaca el doctorado honoris causa de la PUCP en 1986. Bajo su prefectura se dictaron escritos con consideraciones sobre la discriminación de las personas homosexuales (1986), y “Carta a los obispos de la Iglesia Católica sobre la atención pastoral de las personas homosexuales” (1992), y acerca de la postura de la iglesia católica rechazando los proyectos de reconocimiento legal de las uniones entre personas homosexuales (3 de junio de 2003).
Fue también el responsable de desarticular la teología de la liberación y de prohibir el ejercicio de la enseñanza en nombre de la Iglesia a teólogos disidentes como Hans Küng, Leonardo Boff y otros, varios de ellos españoles. Es un filósofo y teólogo de raíces hegelianas, como su inspirador y maestro, el fallecido Joseph Frings, cardenal del título de S. Giovanni a Porta Latina y arzobispo de Colonia.